1. Совершенствование организации деятельности Управления Роспотребнадзора по Республике Алтай и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Алтай».
2. Совершенствование санитарно-противоэпидемических и профилактических мероприятий в целях обеспечения стабильной эпидемиологической ситуации и предупреждения распространения инфекционных болезней.
3.Развитие федерального санитарно-эпидемиологического надзора.
4. Совершенствование практики организации и осуществления федерального государственного надзора в области защиты прав потребителей в целях содействия повышению гарантированного уровня защиты прав потребителей.
5. Правовое обеспечение деятельности Роспотребнадзора, его территориальных органов и организаций.
6. Международное сотрудничество.
7. Реализация Договора о Евразийском экономическом союзе и основных направлений развития механизма «единого окна» в системе регулирования внешнеэкономической деятельности.
8. Совершенствование деятельности по предоставлению государственных услуг и осуществлению государственных функций при внедрении информационно-коммуникационных технологий.
9. Развитие кадрового потенциала и реализация комплекса мер по профилактике коррупционных и иных правонарушений
10. Развитие деятельности по информатизации и обеспечению безопасности информации, не содержащей сведения, составляющие государственную тайну
11. Развитие деятельности территориальных органов и организаций Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по вопросам работы с обращениями граждан.
12. Финансово-экономическое обеспечение деятельности, модернизация бюджетного процесса в условиях внедрения программно-целевых методов управления.
13. Совершенствование научного обеспечения деятельности Управления Роспотребнадзора по Республике Алтай, ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Алтай».